Начальник Тернопільської митниці ДФС – Антонович Оксана Валентинівна:

- сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації;

- сектор по роботі з персоналом;

- відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності;

- спеціаліст (головний державний інспектор) з розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації;

- юридичний сектор;

- відділ організації митного контролю; 

- відділ адміністрування митних платежів;

- спеціаліст (головний державний інспектор) з питань запобігання та виявлення корупції;

- відділ матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;

- митний пост "Тернопіль-центральний".

Заступник начальника митниці – Саварин Андрій Любомирович:

- відділ матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;

- сектор митної статистики;

- сектор інформаційних технологій;

- митний пост “Чортків”.

Заступник начальника митниці - начальник управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії - Петрук Володимир Іванович

- управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії;

- сектор чергових.