Начальник митниці – Антонович Оксана Валентинівна:

1. Сектор організації роботи;

2.Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного

захисту інформації;

3. Сектор по роботі з персоналом;

4. Відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності;

5. Спеціаліст з розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації;

6. Юридичний сектор;

7. Спеціаліст з питань запобігання та виявлення корупції.

Перший заступник начальника митниці – Криворучко Микола Васильович:

1.Відділ адміністрування митних платежів та митно-тарифного регулювання;

2. Відділ організації митного контролю та оформлення;

3. Спеціаліст митної статистики;

4. Сектор інформаційних технологій.

Заступник начальника митниці – Саварин Андрій Любомирович:

1. Відділ матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;

2. Митний пост “Чортків”;

3. Митний пост «Тернопіль - центральний».

Відповідає за взаємодію з філією ДП «Сервісно-видавничий центр» у Тернопільській області.

Заступник начальника митниці-начальник управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії – Петрук Володимир Іванович:

1. Управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії;

2.Сектор з управління ризиками;

3. Сектор чергових.