Начальник митниці – Антонович Оксана Валентинівна:
1. Сектор організації роботи;
2.Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного
захисту інформації;
3. Сектор по роботі з персоналом;
4. Відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності;
5. Спеціаліст з розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації;
6. Юридичний сектор;
7. Спеціаліст з питань запобігання та виявлення корупції.
Перший заступник начальника митниці – Криворучко Микола Васильович:
1.Відділ адміністрування митних платежів та митно-тарифного регулювання;
2. Відділ організації митного контролю та оформлення;
3. Спеціаліст митної статистики;
4. Сектор інформаційних технологій.
Заступник начальника митниці – Саварин Андрій Любомирович:
1. Відділ матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;
2. Митний пост “Чортків”;
3. Митний пост «Тернопіль - центральний».
Відповідає за взаємодію з філією ДП «Сервісно-видавничий центр» у Тернопільській області.
Заступник начальника митниці-начальник управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії – Петрук Володимир Іванович:
1. Управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії;
2.Сектор з управління ризиками;
3. Сектор чергових.